Pendant les guerres de Religion, la cathédrale sera dévastée par les Huguenots en 1568.
En 1599, Henri IV dans un geste d'apaisement vis-à-vis du pape qui menaçait de l'excommunier, financera la reconstruction de la cathédrale. En compagnie de Marie de Médicis, il inaugura le chantier le 18 avril 1601.