Le 18 octobre 1560, le roi François II s’installe avec sa cour dans l'hôtel Groslot à Orléans (mairie actuelle) pour marquer son opposition à Jérôme Groslot, fervent partisan de la Réforme protestante. Le roi meurt (peut-être d'une méningite) à hôtel Groslot, après s'être évanoui à Saint-Aignan, le 5 décembre 1560. Il a alors 16 ans. La chapelle ardente sera la salle initialement prévue pour juger le Prince de Condé, protestant notoire fraichement capturé. Le 8 décembre, le cœur du jeune roi est déposé en la cathédrale Sainte-Croix.
Son règne éphémère ne dure qu'un an et cinq mois mais constitue un prélude majeur au déclenchement des guerres de Religion.
Après la mort prématurée du roi François II, Catherine de Médicis, sa mère et régente du Royaume, mène une politique de tolérance envers les protestants. Le duc de Guise et son parti, opposés à cette politique, sont écartés de la cour et du pouvoir.
Lieutenant général du royaume, le duc François de Guise, dit le Balafré, a repris Calais aux Anglais cinq ans plus tôt, ce qui l'a rendu immensément populaire auprès des catholiques français.
Au milieu du XVIe siècle, l’Orléanais est l’un des principaux foyers français du protestantisme. Au début des guerres de religion, le parti catholique est dirigé par la famille de Guise, avec, à sa tête, François de Guise. Le prince de Condé, fait d’Orléans la capitale de la France protestante en avril 1562. Les protestants détruisent les églises, pillent la cathédrale Sainte-Croix et massacrent de nombreux catholiques de la région. Condé prends sa revanche et ses soldats Huguenots récupèrent le cœur de François II et s'empressent, dans la joie, de le brûler dans l'un des cloîtres de Sainte-Croix.
En 1563, François de Guise décide de marcher sur Orléans et d'éradiquer la menace protestante.